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为什么要在 Docker 中使用 R? 一位 DevOps 的看法
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[![opencpu logo](https://i1.wp.com/www.opencpu.org/images/stockplot.png?w=456&ssl=1)][11]
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> R 语言,一种自由软件编程语言与操作环境,主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R 内置多种统计学及数字分析功能。R 的另一强项是绘图功能,制图具有印刷的素质,也可加入数学符号。——引自维基百科。
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已经有几篇关于为什么要在 Docker 中使用 R 的文章。在这篇文章中,我将尝试加入一个 DevOps 的观点,并解释在 OpenCPU 系统的环境中如何使用容器化 R 来构建和部署 R 服务器。
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> 有在 [#rstats][2] 世界的人真正地写过*为什么*他们使用 Docker,而不是*如何*么?
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> — Jenny Bryan (@JennyBryan) [September 29, 2017][3]
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### 1:轻松开发
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OpenCPU 系统的旗舰是 [OpenCPU 服务器][12]:它是一个成熟且强大的 Linux 栈,用于在系统和应用程序中嵌入 R。因为 OpenCPU 是完全开源的,我们可以在 DockerHub 上构建和发布。可以使用以下命令启动一个可以立即使用的 OpenCPU 和 RStudio 的 Linux 服务器(使用端口 8004 或 80):
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docker run -t -p 8004:8004 opencpu/rstudio
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```
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现在只需在你的浏览器打开 http://localhost:8004/ocpu/ 和 http://localhost:8004/rstudio/ 即可!在 rstudio 中用用户 `opencpu`(密码:`opencpu`)登录来构建或安装应用程序。有关详细信息,请参阅[自述文件][15]。
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Docker 让开始使用 OpenCPU 变得简单。容器给你一个充分灵活的 Linux 机器,而无需在系统上安装任何东西。你可以通过 rstudio 服务器安装软件包或应用程序,也可以使用 `docker exec` 进入到正在运行的服务器的 root shell 中:
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```
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# Lookup the container ID
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docker ps
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# Drop a shell
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docker exec -i -t eec1cdae3228 /bin/bash
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```
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你可以在服务器的 shell 中安装其他软件,自定义 apache2 的 httpd 配置(auth,代理等),调整 R 选项,通过预加载数据或包等来优化性能。
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### 2: 通过 DockerHub 发布和部署
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最强大的是,Docker 可以通过 DockerHub 发布和部署。要创建一个完全独立的应用程序容器,只需使用标准的 [opencpu 镜像][16]并添加你的程序。
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出于本文的目的,我通过在每个仓库中添加一个非常简单的 “Dockerfile”,将一些[示例程序][17]打包为 docker 容器。例如:[nabel][18] 的 [Dockerfile][19] 包含以下内容:
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FROM opencpu/base
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RUN R -e 'devtools::install_github("rwebapps/nabel")'
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```
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它采用标准的 [opencpu/base][20] 镜像,并从 Github [仓库][21]安装 nabel。最终得到一个完全隔离、独立的程序。任何人可以使用下面这样的命令启动程序:
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```
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docker run -d 8004:8004 rwebapps/nabel
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```
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`-d` 代表守护进程监听 8004 端口。很显然,你可以调整 `Dockerfile` 来安装任何其它的软件或设置你需要的程序。
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容器化部署展示了 Docker 的真正能力:它可以发布可以开箱即用的独立软件,而无需安装任何软件或依赖付费托管的服务。如果你更喜欢专业的托管,那会有许多公司乐意在可扩展的基础设施上为你托管 docker 程序。
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### 3: 跨平台构建
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还有 Docker 用于 OpenCPU 的第三种方式。每次发布,我们都构建 6 个操作系统的 `opencpu-server` 安装包,它们在 [https://archive.opencpu.org][22] 上公布。这个过程已经使用 DockerHub 完全自动化了。以下镜像从源代码自动构建所有栈:
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* [opencpu/ubuntu-16.04][4]
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* [opencpu/debian-9][5]
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* [opencpu/fedora-25][6]
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* [opencpu/fedora-26][7]
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* [opencpu/centos-6][8]
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* [opencpu/centos-7][9]
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当 GitHub 上发布新版本时,DockerHub 会自动重建此镜像。要做的就是运行一个[脚本][23],它会取回镜像并将 `opencpu-server` 二进制复制到[归档服务器上][24]。
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via: https://www.r-bloggers.com/why-use-docker-with-r-a-devops-perspective/
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作者:[Jeroen Ooms][a]
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译者:[geekpi](https://github.com/geekpi)
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校对:[wxy](https://github.com/wxy)
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本文由 [LCTT](https://github.com/LCTT/TranslateProject) 原创编译,[Linux中国](https://linux.cn/) 荣誉推出
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[a]:https://www.r-bloggers.com/author/jeroen-ooms/
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[1]:https://www.opencpu.org/posts/opencpu-with-docker/
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[2]:https://twitter.com/hashtag/rstats?src=hash&ref_src=twsrc%5Etfw
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[3]:https://twitter.com/JennyBryan/status/913785731998289920?ref_src=twsrc%5Etfw
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[4]:https://hub.docker.com/r/opencpu/ubuntu-16.04/
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[5]:https://hub.docker.com/r/opencpu/debian-9/
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[6]:https://hub.docker.com/r/opencpu/fedora-25/
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[7]:https://hub.docker.com/r/opencpu/fedora-26/
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[8]:https://hub.docker.com/r/opencpu/centos-6/
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[9]:https://hub.docker.com/r/opencpu/centos-7/
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[10]:https://www.r-bloggers.com/
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[11]:https://www.opencpu.org/posts/opencpu-with-docker
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[12]:https://www.opencpu.org/download.html
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[13]:http://localhost:8004/ocpu/
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[14]:http://localhost:8004/rstudio/
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[15]:https://hub.docker.com/r/opencpu/rstudio/
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[16]:https://hub.docker.com/u/opencpu/
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[17]:https://www.opencpu.org/apps.html
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[18]:https://rwebapps.ocpu.io/nabel/www/
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[19]:https://github.com/rwebapps/nabel/blob/master/Dockerfile
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[20]:https://hub.docker.com/r/opencpu/base/
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[21]:https://github.com/rwebapps
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[22]:https://archive.opencpu.org/
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[23]:https://github.com/opencpu/archive/blob/gh-pages/update.sh
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[24]:https://archive.opencpu.org/
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||
[25]:https://www.r-bloggers.com/author/jeroen-ooms/
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